J'ai pas trop compris la question
. Mais j'ai l'idée générale.
Tout dépend de l'extension dont tu parles. Les Shivering Isles sont un "monde" à part, coupé de Cyrodiil. Donc ce que tu y fais ne change strictement rien dans Cyrodiil. Mais chaque monstre que tu tueras, chaque capacité principale que tu développeras dans le royaume de Shéogorath te permettra de passer des niveaux, et ces niveaux auront une incidence sur les 2 mondes (tu combattras des ennemis plus forts, tu pourras trouver des meilleures armes / utiliser des meilleurs sorts etc).
Rien ne t'empêche de te rendre dans les Shivering Isles au niveau 1. Mais contre, pour avoir accès à l'ensemble des Isles, il te faudra faire une ou deux quêtes (ou alors tu seras cantonné dans une infime partie des Isles), et donc tu augmenteras sans doute au moins une de tes capacités principales.
Pour les Chevaliers des Neufs, il te suffit de ne pas parler au prophète devant la chapelle d'Anvil.
Après, ne t'inquiètes pas des missions. L'avantage d'Oblivion, c'est que tu peux faire les quêtes à ton rythme. Tu peux t'arrêter en plein milieu d'une quête et la reprendre quelques mois après sans aucun soucis.
Et elles ne changent pas grand chose dans la manière dont les gens te perçoivent. Forcément, si tu fais une quête héroïque pour sauver la veuve et l'orphelin, tu auras des compliments de la part des gardes et des gens que tu croiseras, et globalement ils t'aimeront beaucoup.
A l'inverse, si tu fais des quêtes vicelardes comme celles de la guilde des voleurs ou de la Confrérie noire, les gens t'aimeront moins.
Mais ça ne change rien à ton expérience de jeu.
Donc ne t'inquiètes pas trop de faire des missions de telle ou telle extension.
Dans le même genre, certaines missions peuvent te rapporter de l'équipement particulier. Mais rien ne t'oblige à l'utiliser. Tu peux très bien le stocker si tu as une maison, ou bien le garder dans ton inventaire sans t'en servir si tu ne veux pas l'utiliser en dehors de l'extension en question.
Voilà, j'ai essayé de ratisser large pour englober la réponse à ta question. Si je n'y ai pas répondu, tu peux essayer de la reformuler, de donner un exemple ou quelque chose du genre ?